Бенчмарк ApoA1
Наиболее распространенным бенчмарком в области Молекулярной Динамики является ApoA1. Бенчмарк носит название в честь белка ApoA1 (аполипопротеин А1) — это белок, который играет важную роль в метаболизме липидов и липопротеинов в организме человека. Он является основным белком, который связывается с липопротеинами высокой плотности (ЛПВП), также известными как «хороший» холестерин. ЛПВП имеют способность удалять избыток холестерина из организма и предотвращать его отложение на стенках артерий, что уменьшает риск развития сердечно-сосудистых заболеваний. Этот бенчмарк позволяет оценить время, необходимое для моделирования взаимодействия ApoA1 с ЛПВП, которое является важной для многих областей науки.
ApoA1
| Система | N узлов | CPU | GPU | RAM (Gb) | Time (s) | Performance (ns/day) | Performance (TFLOPS) | Описание запуска |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| «cHARISMa» Type c | 1 | Intel Xeon Gold 6240R | 2 x NVIDIA Tesla V100 32 Gb NVLink | 768 | 25.9 | 33.3 | 3.2 | 12 MPI x 2 OpenMP |
| «cHARISMa» Type c | 1 | Intel Xeon Gold 6240R | NVIDIA Tesla V100 32 Gb NVLink | 768 | 29.7 | 29.1 | 2.9 | 6 MPI x 4 OpenMP |
| «cHARISMa» Type a | 1 | Intel Xeon Gold 6152 | 2 x NVIDIA Tesla V100 32 Gb NVLink | 768 | 32.4 | 26.7 | 2.6 | 10 MPI x 2 OpenMP |
| «cHARISMa» Type b | 1 | Intel Xeon Gold 6152 | 2 x NVIDIA Tesla V100 32 Gb NVLink | 1536 | 33.4 | 25.9 | 2.5 | 10 MPI x 2 OpenMP |
| «cHARISMa» Type a | 1 | Intel Xeon Gold 6152 | NVIDIA Tesla V100 32 Gb NVLink | 768 | 35.0 | 23.4 | 2.5 | 5 MPI x 4 OpenMP |
| «cHARISMa» Type b | 1 | Intel Xeon Gold 6152 | NVIDIA Tesla V100 32 Gb NVLink | 1536 | 35.7 | 24.2 | 2.4 | 5 MPI x 4 OpenMP |
| «cHARISMa» Type d | 1 | Intel Xeon Gold 6248R | — | 384 | 103.431 | 8.354 | 0.78 | 12 MPI x 2 OpenMP |